hadn't been은 과거완료 시제이죠. 과거 완료시제라는 것은 특정 과거 시점보다 이전에 일어난 일을 명백히 나타내고자 함입니다.

A에서 내가 리스트에 들어가지 않은 과거에 대해 묻고 있죠? B에서 관심없는 거라 생각했어. 즉, 관심이 없다라는 것과 생각은 동시에 일어난 일이죠.

"A는 세미나에 오는 것에 관심이 없나보네" 즉, 전후 관계가 아니라, 특정 시점에서 관심이 없다라는 것을 생각한 것이지, 관심이 없는 것이 먼저 일어났고, 생각은 그 이후에 했다라는 전후 맥락으로 보긴 어렵습니다.
예를 들어 " 난 저 차가 매우 비싸다고 생각해"이런 말이 있으면, 현재의 상황에서 비싸다라고 생각을 한 것이죠. 즉, 생각의 시점과 그 내용은 동시 상황입니다.
TEPS에서 과거 완료시제가 정답이 된다면 매우 확실하고 명확한 시제적 단서가 반드시 등장합니다. 즉, 명백한 단서가 없다면 과거 완료가 정답이 될 가능성은 적다고 보시는 것이 맞아요.

잘 이해되었습니다. 답변 감사합니다 :)